Skaarupgaard Gods har traditioner og aner helt tilbage fra middelalderen.
Fra begyndelsen af 1500 tallet og frem til 1661 tilhørte stedet kronen, og det har således hørt under en række fremtrædende danske konger, bl.a. Kong Christian IV.
Kong Frederik III overdrog i 1654 Skaarupgaard til rigsråd Gunde Rosenkrantz. Syv år senere lykkedes det Gunde Rosenkrantz at få gjort Skaarupgaard til en herregård, som var fri og uafhængig af kronen.
Den nuværende hovedbygning er opført fra 1770 til 1774 under justitsråd Peder Nicolaj Secher, og siden da har skiftende ejere sat deres præg på stedet.
Den 12. september 1986 brændte alle avlsbygninger på Skaarupgaard. Heldigvis lykkedes det at redde den gamle bindingsværksbygning, og hverken dyr eller mennesker kom til skade under den omfattende brand.
Ved genopbygningen af gården tilføjede den daværende ejer, Ole Christiansen, et nyt og markant vartegn i form af et 17 meter højt tårn til hovedbygningen. Inspireret af det forestående 400 års jubilæum for Kong Christian IV’s tronbestigelse i 1588, blev tårnet opført som en hilsen til den byggeivrige konge.
Skaarupgaard Gods kom i den nuværende slægts eje, da Rasmus Juhl Rasmussen købte stedet i 1993. I 2014 blev Skaarupggaard Gods overtaget af Søren Wümpelmann Juhl, der sammen med sin hustru, Rikke Wümpelmann Juhl, driver stedet i dag.